Durch seine Lage südlich des Äquators herrscht auf Bali ein sehr tropisches Klima, welches von Monsunen beherrscht wird. Daran hat sich auch die Fauna und Flora angepasst und so findet man hier hauptsächlich landwirtschaftliche Nutzfläche, die für Reisanbau genutzt wird und auch insbesondere viel Obst, Gemüse, Kaffee, Kakao, Tabak und beinahe überall den berühmten Bambus, Palmen und nicht zu vergessen die Kamboja Blüte - welche unter anderem wesentlicher Bestandteil der Opferbringung und Altarverzierungen ist - der Hibiskus oder die Bougainvillae. Auffälliges Merkmal jedes kleinen Ortes ist zudem der Banyan- oder Waringinbaum. Im Norden der Insel wachsen sogar Trauben, welche zur Weinherstellung genutzt werden.
Bali ist von der Nachbarinsel Lombok durch die sogenannte Wallace-Linie getrennt. So findet man auf Lombok eine eher australische Flora und Fauna, während Bali stark asiatisch geprägt ist.
Auch die Tierwelt ist sehr vielfältig. Außer den neugierigen Affen, Wasserbüffeln und Rindern, findet man hier hauptsächlich zahlreiche Vogelarten, wie zum Beispiel der nur auf Bali vorkommende Balistar, und Insekten, Schlangen etc. Doch besonders auffällig ist die Hohe Anzahl an Hunden, welche einem beinahe überall begegnen.