In Marokko wird auch die Flora und Fauna durch das Atlasgebirge in Nordwesten und seine eher mediterranen Pflanzen und Südosten mit der Wüstensteppe geteilt. Geschlossene Waldbestände, mit beispielsweise Stein- und Korkeichen als auch Atlaszedern, finden sich besonders in den regenreichen Gebirgszonen und bedecken nur ein Zehntel der Landesfläche. Im Süden des Landes findet man die seltenen und kostbaren Arganien, aus deren Frucht das wertvolle Arganöl gewonnen wird. Ansonsten findet man hier Baumarten wie Baumheiden, Erdbeerbäume, Pistazien und Wacholderarten. In den einzelnen Oasen werden besonders viele Dattelpalmen kultiviert und jenseits des Atlasgebirges findet man eine Trockensteppenvegetation.
Auch in Marokko sind viele Tierarten vom Aussterben bedroht, insbesondere der Leopard und der Wüstenfuchs. Häufig findet man hier jedoch die Berberaffen, auch Magots genannt, Gazellen, Hyänen, Reptilien, wie Eidechsen und Schlangen und diverse Vogelarten, wie zum Beispiel Störche, Geier und Zwergadler. Einer der bekanntesten Nationalparks Marokkos ist der um den Jabal Toubkal im Hohen Atlas gelegene Ifrane-Nationalpark.