Die Gebirgsfauna beschränkt sich hauptsächlich auf die Gebiete der drei mazedonischen Nationalparks: d.h. den Nationalpark des Galicica - Berges, der die Täler von Ohrid und von Prespa voneinander trennt, den an den Bistra - Berghängen gelegenen Nationalpark von Mavrovo sowie den Nationalpark von Pelister. In diesen Parks leben u. a. Wildziegen, Wölfe, Bären, Hirsche, Füchse oder auch Wildschweine.