Die verschiedenen Mikroklimata von São Tomé haben es 800 Pflanzenarten (davon 120 endemische) ermöglicht, sich zu entwickeln. Darunter findet man den Taro, den Hibiskus, Bromeliaceen, den Affenbrotbaum und Palmen, und natürlich nicht zu vergessen den Fackelingwer, eines der Symbole der Insel.