Das Archipel vulkanischen Ursprungs zeichnet sich durch ein sehr hügeliges Relief aus, mit vielen abgetragenen Bergspitzen, wie dem Pico São Tomé, dem höchsten Punkt der Insel auf 2 024 Meter, und dem Pico Príncipe (948 Meter). Im Herzen der Inseln erheben sich Berge, von denen Sturzbäche hinabstürzen. Der tropische Wald bedeckt fast 70 % des Landesgebiets.