Die Capilla Real der Kathedrale vermittelt einen Eindruck von der Größe dieses Kirchenbaus im Stil der Renaissance. Ihre Kuppel mit wunderschönen bunten Kirchenfenstern ist mit Skulpturen und Gemälden von Alonso Cano ausgestattet.
Die symbolträchtigsten Portale sind Ecce Homo, San Jerónimo und El Perdón, letzteres mit exzellenten allegorischen Darstellungen des Glaubens und der Gerechtigkeit. In den Seitenkapellen werden wunderschöne Altare und Gemälde aufbewahrt. Im früheren Kapitelsaal wird heute der Schatz der Kathedrale ausgestellt, von dem manche Stücke auch in der Sakristei und im Museum der Kathedrale zu finden sind. Unter diesen Ausstellungsstücken ist eine von Alonso Cano gefertigte Skulptur der Unbefleckten Empfängnis.