Nachdem der Parthenon bis Mitte bis Ende des 17. Jahrhunderts relativ intakt geblieben war, wurde er infolge einer durch Blitzschlag verursachten Schießpulverexplosion im Jahr 1645 und des anschließenden Türkisch-Venezianischen Krieges von 1686, auch bekannt als Moreanischer Krieg (1684-1699), schwer beschädigt. Die Stätte litt unter Kriegsschäden, Plünderungen und einem allgemeinen Mangel an Instandhaltung. Im 19. Jahrhundert, als die Stätte bei den Besuchern immer beliebter wurde, kam es zu systematischen Plünderungen, da die Menschen Souvenirs mitnahmen. Ein gewisser Thomas Bruce, 7. Earl of Elgin, und sein Team erbeuteten viele wertvolle Gegenstände, darunter Skulpturen, Friese aus dem Tempel der Athena Nike, eine der Karyatiden aus dem Erechtheion und viele andere unschätzbare Antiquitäten, die sie nach England schickten. Die Stücke sind im Britischen Museum ausgestellt, aber die griechische Regierung fordert sie seit 1890 zurück, da sie Teil des einzigartigen kulturellen Erbes Griechenlands sind. Griechische und britische Beamte führen derzeit Gespräche über diese Frage. Im Jahr 1834 erklärte der neu gegründete griechische Staat die Akropolis zu einer offiziellen archäologischen Stätte, in der Prospektoren viele wertvolle Objekte fanden, die ein Zuhause brauchten. Eine erste Version wurde 1874 eröffnet und nach dem Zweiten Weltkrieg radikal erweitert. Das neue Akropolis-Museum wurde von den Architekten Bernard Tschumi und Michael Photiades entworfen. Es wurde nur 300 Meter von der Akropolis entfernt gebaut und 2009 für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht.
