Die Stätte ist seit den Anfängen der Stadt ununterbrochen bewohnt gewesen. Bereits am Ende der Jungsteinzeit (um 3000 v. Chr.) wurde er als Wohn- und Begräbnisstätte genutzt. Bereits im 6. Jahrhundert v. Chr. wurde er zu einem öffentlichen Platz. Aufgrund der sich ständig ändernden kulturellen und politischen Zusammensetzung nahm die Agora viele verschiedene Formen an, bevor sie im 2. vorchristlichen Jahrhundert zu der uns bekannten Form gelangte. Im Laufe der Jahrhunderte fanden an diesem Ort verschiedene Bautätigkeiten statt, von den Persern 480 v. Chr. und den Römern 89 v. Chr. bis zu den Slawen 580 n. Chr., bevor er nach und nach aufgegeben wurde. Seit der byzantinischen Zeit war der Ort wieder aktiv und wurde bis etwa 1830 bewohnt, bevor archäologische Ausgrabungen durchgeführt werden konnten. Mitte des 19. Jahrhunderts begannen umfangreiche archäologische Ausgrabungen, die bis heute andauern. Mitte der 1970er Jahre wurden umfangreiche Restaurierungsarbeiten am Hephaistion oder Hephaistos-Tempel durchgeführt.
