Zu dieser Zeit war Teneriffa die Kanareninsel, die sich am längsten gegen die spanische Invasion wehrte. Im Jahr 1494 gelang es den Siedlern jedoch, die kleine Insel von dem einheimischen Volk der Guanchen zu erobern. Die Spanier bauten eine Festung an der Stelle, an der heute Santa Cruz de Tenerife liegt, und nutzten sie, um gegen die Guanchen zu kämpfen. Das indigene Volk unterwarf sich nach zwei langen Jahren des Kampfes.
Da Teneriffa ideal auf dem Weg nach Indien und Amerika liegt, nutzen die Europäer die Stadt als Hafenstützpunkt. Wirtschaftlich geht es der Stadt Santa Cruz recht gut. Allerdings wird sie im Laufe der Jahre durch die verschiedenen Konflikte von allen Seiten belagert. Von 1600 bis 1800 wurde die Stadt immer wieder zerstört, geplündert und angegriffen. Von 1833 bis 1927 war sie die Hauptstadt der Kanarischen Inseln. Dann, 1982, wurden die Inseln in zwei Provinzen, Las Palmas und Santa Cruz de Tenerife, aufgeteilt. Zwei Städte, Las Palmas de Gran Canaria und Santa Cruz de Tenerife, teilen sich den Regierungssitz der Autonomen Region der Kanarischen Inseln. Die Kanarischen Inseln sind autonome Gemeinschaften in Spanien.