Historiker behaupten, dass bereits im 12. Jahrhundert eine romanische Kirche an der gleichen Stelle wie das heutige Gebäude stand. Sie war der Mittelpunkt des Dorfes und wurde von mehreren Häusern umgeben. Saint-Jean-de-Luz wurde jedoch von mehreren Kriegen heimgesucht: der englischen Herrschaft, dem Hundertjährigen Krieg und den spanischen Invasionen. Die Kirche brannte bis auf die Grundmauern nieder, aber einige ihrer Überreste sind noch erhalten (z. B. die verdunkelten Fenster).
