Die antike griechische Kolonie Massalia wurde 600 v. Chr. rund um den Alten Hafen errichtet. Die Legende besagt, dass die Stadt aus der Heirat einer Prinzessin mit einem Seemann aus Phokäa hervorging, was beweist, dass Marseille schon immer Fremde willkommen hieß.
Während des Römischen Reiches wurde Massalia zu Massilia, bevor die Stadt im Mittelalter den Namen Marsiho annahm. Der Alte Hafen war schon immer das Zentrum der Stadt und für den Handel im Mittelmeerraum unerlässlich. Zum Schutz des Hafens wurden zwei Festungen am Eingang des Hafens errichtet: Fort Saint-Nicolas und Fort Saint-Jean.